Trên địa bàn tỉnh Khánh Hòa hiện có 427 cơ sở sản xuất, ương giống thủy sản với sản lượng hàng năm hơn 9 tỷ con giống. Tính đến hết tháng 7, các cơ sở đã sản xuất hơn 7,2 tỷ con giống các loại. Đối tượng sản xuất giống chủ yếu là: tôm sú, tôm chân trắng, cá biển, nhuyễn thể (ốc hương, ngao hai cồi, tu hài), cua biển... Nguồn giống thủy sản của các cơ sở trên địa bàn tỉnh không chỉ đáp ứng nhu cầu của người nuôi trong tỉnh mà còn cung cấp đến nhiều tỉnh, thành ven biển như: Cà Mau, Bến Tre, Kiên Giang, Long An, TP. Hồ Chí Minh, Bình Thuận, Phú Yên, Quảng Bình, Nam Định, Quảng Ninh…