Mùa mưa là thời điểm nhiều mầm bệnh phát sinh trong ao nuôi cá tra, chủ yếu do vi khuẩn như Vibrio, Aeromonas, Streptococcus và ký sinh trùng phát triển mạnh. Mưa lớn gây rửa trôi phèn, chất hữu cơ xuống ao làm giảm pH, bùng phát khí độc (NH₃, H₂S, NO₂), ảnh hưởng đến sức khỏe cá.