Theo Điều 76 của Luật Điều ước quốc tế 2016, Thủ tướng Chính phủ chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện Hiệp định VIFTA, phê duyệt kế hoạch thực hiện, quyết định biện pháp chỉ đạo, điều hành hoặc biện pháp khác để thực hiện Hiệp định VIFTA. Theo đó, ngày 05 tháng 1 năm 2025, Thủ tướng Chính phủ đã ký ban hành Quyết định số 16/QĐ-TTg về việc phê duyệt Kế hoạch thực hiện Hiệp định Thương mại tự do giữa Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam và I-xra-en (VIFTA).