Trong lĩnh vực thủy sản, ngành hàng cá tra vẫn tiếp tục đóng vai trò then chốt của tỉnh Đồng Tháp. Con cá tra từ lâu đã được xác định là ngành hàng chủ lực của tỉnh, diện tích nuôi cá thương phẩm đạt 2.630ha, với sản lượng 540.000 tấn. Không chỉ gia tăng về diện tích nuôi qua từng năm, tỉnh cũng rất chú trọng ứng dụng khoa học công nghệ để nâng cao giá trị ngành hàng, xử lý bệnh gan thận mủ, bóng hơi, nhiễm khuẩn, và tận dụng phụ phẩm làm phân hữu cơ, góp phần giảm chi phí sản xuất. Đồng Tháp đã phối hợp với Viện Nghiên cứu Nuôi trồng Thủy sản II để đưa vào giống cá tra hậu bị cải thiện di truyền, tăng khả năng kháng bệnh và năng suất, dần thay thế đàn bố mẹ cũ.