Không riêng gì nuôi tôm nước lợ, nuôi trồng thủy sản nước ta hiện nay gặp phải rất nhiều khó khăn, rủi ro do biến đổi khí hậu, ô nhiễm môi trường cùng với đó người nuôi tôm vẫn còn thói quen tự tiện sử dụng các chế phẩm sinh học nên khó kiểm soát, đưa đến rủi ro cao và chi phí nuôi tôm của Việt Nam cao hơn so với một số nước khác. Nguyên nhân là do nhiều yếu tố như: tôm giống, thức ăn qua nhiều khâu trung gian tăng từ 20% đến 30% so với giá gốc, tỉ lệ ao nuôi trúng chưa cao, việc kiểm tra các chất cấm, chất hạn chế dư lượng ở tất cả thị trường lớn ngày càng chặt chẽ từ tần suất kiểm tra đến cách kiểm tra… Đó là những thách thức đòi hỏi người nuôi tôm phải vượt qua để đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của thị trường.