Khu vực miền núi tỉnh Thanh Hóa có hàng trăm hồ, đập lớn nhỏ và nhiều sông lớn, như: Sông Mã, sông Chu, sông Bưởi... Hiện nay, trên các tuyến sông, nhiều công trình thủy điện được xây dựng như: Cửa Đặt, sông Mực, Trung Sơn, Bá Thước 1, Bá Thước 2 và đưa vào sử dụng, tạo ra hàng nghìn ha mặt nước là điều kiện thuận lợi để các loài thủy sản sinh trưởng và phát triển.