Thời gian qua, nuôi trồng thủy sản trên địa bàn thành phố đạt được nhiều kết quả khả quan, tăng cả diện tích, sản lượng, và giá trị. Tuy nhiên, ngành này đang phải đối mặt với nhiều khó khăn, như: Chưa có thương hiệu sản phẩm, hạ tầng vùng sản xuất khó khăn… Để phát triển bền vững, đòi hỏi ngành thủy sản phải đẩy mạnh tái cơ cấu theo hướng tăng năng suất, giá trị, bảo đảm an toàn thực phẩm.