Thông tư 38/2015/TT-BTC về thủ tục HQ, GSHQ, thuế XNK và quản lý thuế đối với hàng hóa XNK (ngày 25/3/2015) sau gần 2 năm thực hiện đã phát sinh một số vướng mắc hoặc có một nội dung không phù hợp với thực tế như: quy định về hồ sơ hải quan, việc phân luồng hồ sơ hải quan, việc khai, gửi thông tin khai hải quan và các chứng từ đi kèm, việc triển khai thực hiện Điều 41 Luật Hải quan, quy định về quản lý hàng gia công, SXXK,…