Hiện nay, mặt hàng thủy sản nhập khẩu nằm trong danh sách phải được kiểm tra rồi mới hoàn thuế. Tuy nhiên, trong quá trình kiểm tra thực hiện, do công tác nghiệp vụ của kiểm tra an toàn vệ sinh thực phẩm mất nhiều thời gian khiến cho việc hoàn thuế cũng kéo dài. Điều này ảnh hưởng đến đồng vốn làm ăn của DN nhập khẩu thủy sản.
Theo quy định tại Điểm h, Khoản 2, Điều 41 của Nghị định 83 ngày 22/7/2013 của Chính phủ, “Hàng hóa nhập khẩu theo giấy phép, hàng hóa nhập khẩu phải bảo đảm các quy định quản lý nhà nước về kiểm dịch, VSATTP, kiểm tra chất lượng hàng hóa” nằm trong diện kiểm tra trước khi hoàn thuế. Trước đó, ngày 25-3-2015, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư 38 quy định về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan, thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu và nhập khẩu. Theo Điểm d.1 và Điểm d.3 Khoản 5 Điều 129 của Thông tư 38 thì, hàng nguyên liệu thủy sản nhập khẩu để chế biến xuất khẩu thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
Ông Trần Văn Dũng, Tổng Giám đốc Công ty CP Chế biến XNK Thủy sản BR-VT (Baseafood) cho biết: Trước đây, theo quy trình hoàn thuế GTGT là hoàn thuế trước, kiểm sau nên DN gặp thuận lợi, không bị thiếu hụt vốn phục vụ sản xuất kinh doanh. Cụ thể, DN chỉ cần gửi bộ hồ sơ xin hoàn thuế thì sau 1 tuần, DN nhận được quyết định hoàn thuế và sau 1-3 ngày là DN nhận được tiền. Tuy nhiên, hiện nay theo quy trình mới là kiểm trước- hoàn sau. Việc điều chỉnh này tuy có lợi cho DN là phát hiện ra sai sót trước khi hoàn thuế, không bị truy thu lãi phạt do hoàn trước, nhưng lại khiến DN gặp khó khăn về vốn vì thời gian hoàn thuế kéo dài. Cụ thể, sau khi DN nộp hồ sơ xin hoàn thuế, Cục Thuế xem xét ra thông báo, xếp lịch kiểm tra các DN theo thứ tự. Sau khi được Cục Thuế kiểm tra có quyết định hoàn thuế thì hồ sơ phải chuyển qua bộ phận giám sát của Tổng Cục thuế. Do đó, DN phải đợi xét duyệt của Tổng Cục thuế nên chưa chắc DN đã được nhận tiền ngay.
Tương tự, tại Công ty TNHH Chế biến thủy sản Tiến Đạt (xã Tân Hải, huyện Tân Thành), ông Nguyễn Thành Đạt, Phó Giám đốc Công ty, cho biết: Trước đây, khi hoàn thuế trước, kiểm sau thường chậm nhất 1 quý là Tiến Đạt được hoàn thuế 1 lần. Nhưng nay, quy trình hoàn thuế của các DN hải sản thay đổi, tức là kiểm hàng trước hoàn thuế sau nên DN cứ 4-5 tháng dồn hàng lại để kiểm tra một lần, do đó việc hoàn thuế cũng bị chậm theo. Từ đầu năm đến nay, Tiến Đạt mới được hoàn thuế 3 tháng (1, 2 và 3). Còn từ tháng 4 đến nay chưa được hoàn thuế, làm cho DN gặp khó khăn về nguồn vốn, buộc phải đi vay vốn ngân hàng.
Theo thông tin từ Bộ NN&PTNT, tính đến đầu tháng 7/2016, kim ngạch nhập khẩu ngành nông, lâm, thủy sản đạt 11,04 tỷ USD. Như vậy, số tiền hoàn thuế mà DN nhập khẩu thủy sản sẽ nhận được là rất lớn. Điều này cũng đồng nghĩa với việc DN sẽ bị thiếu hụt một lượng vốn lưu động lớn để sản xuất kinh doanh do phải chờ đợi kiểm tra hàng. Điều này vô hình chung làm giảm khả năng cạnh tranh và đi ngược lại với xu thế cắt giảm hàng rào thuế quan trong các Hiệp định Thương mại tự do mà Việt Nam đã ký kết.
Trao đổi về vấn đề này, ông Nguyễn Minh Cường, Phó Cục trưởng Cục Thuế tỉnh cho biết, thời gian qua, các DN thủy sản bị chậm hoàn thuế là do chính sách thay đổi. Theo văn bản hướng dẫn số 3357/BTC-TCT ngày 14/3/2016 của Bộ Tài chính, nhằm bảo đảm quản lý chi hoàn thuế GTGT chặt chẽ, đúng quy định của pháp luật giao, Tổng Cục Thuế kiểm tra xác định hồ sơ đủ điều kiện ban hành quyết định hoàn thuế, thời gian giải quyết không quá 6 giờ làm việc. Tuy nhiên, theo khảo sát khâu sản xuất và kiểm tra hàng hóa của các DN hải sản, do sản phẩm hải sản xuất khẩu không thể kiểm tra đơn lẻ mà phải gom lại để kiểm tra tổng thể với số lượng lớn do đó phải mất nhiều thời gian, điều này cũng đồng nghĩa với việc kéo dài thời gian hoàn thuế. “Sau khi hoàn thành các bước theo đúng quy trình, Cục Thuế mới ban hành quyết định hoàn thuế cho DN. Vì vậy, thời gian hoàn thuế có chậm trễ hơn so với quy định”, ông Cường khẳng định. Riêng đối với trường hợp Công ty Baseafood, qua các kỳ đề nghị hoàn thuế từ tháng 1/2015 đến kỳ đề nghị hoàn thuế gần đây là tháng 3/2016, xét thấy đây là DN làm ăn uy tín, có lượng hàng xuất khẩu lớn nên Cục Thuế đã giải quyết hoàn thuế trước kiểm tra sau.
Để tháo gỡ khó khăn vướng mắc cho DN xuất nhập khẩu thủy sản, góp phần nâng cao năng lực cạnh tranh cho các DN, giảm chi phí xã hội, mới đây Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu Thủy sản Việt Nam (VASEP) cũng đã kiến nghị Bộ Tài chính xem xét và trình Chính phủ sửa đổi nội dung Điểm h Khoản 2 Điều 41 trong Nghị định 83/2013/NĐ-CP để các mặt hàng thủy sản nhập khẩu được hoàn thuế trước, kiểm tra sau.