Tại công văn số 87/2014/CV-VASEP, Hiệp hội có 3 điểm kiến nghị sau:
1. Hiện nay mức thuế NK nguyên liệu thủy sản vào nước ta đang ở mức cao, cụ thể:
- Thuế cá ngừ hiện nay nhập khẩu vào Việt Nam đang ở mức từ 5%-27% đối với mã HS-03 và từ 5%-45% đối với mã HS-16. Đây là mức cao so với các nước đối thủ cạnh tranh cùng mặt hàng này của Việt Nam như Thái lan, Philipine, làm giảm khả năng cạnh tranh của các công ty Việt Nam. Hiệp hội xin kiến nghị phía Bộ Tài chính xem xét và điều chỉnh mức thuế NK sản phẩm này hợp lý, tối thiểu cũng bằng mức thuế mà các nước Thái Lan, Philipine đang áp dụng nhằm nâng cao tính cạnh tranh cho các doanh nghiệp chế biến và XK mặt hàng này.
- Thuế NK mực bạch tuộc mã HS-03 theo các Hiệp định thương mại song phương đang ở mức tương đối cao, từ 10-40%.
- Thuế NK được quy định theo các Hiệp định thương mại song phương hiện nay đối với mặt hàng tôm mã HS-0306 đang ở mức 12%-25%.
2. Căn cứ nội dung QĐ số 1690 của Thủ tướng Chính phủ ban hành ngày 16/9/2010 về việc “Phê duyệt chiến lược phát triển ngành thủy sản Việt Nam đến năm 2020” trong đó nêu rõ :Ngành thủy sản cơ bản được công nghiệp hóa - hiện đại hoá và tiếp tục phát triển toàn diện theo hướng bền vững, thành một ngành sản xuất hàng hóa lớn, có cơ cấu và các hình thức tổ chức sản xuất hợp lý, có năng suất, chất lượng, hiệu quả, có thương hiệu uy tín, có khả năng cạnh tranh cao và hội nhập vững chắc vào kinh tế thế giới. Đồng thời từng bước nâng cao trình độ dân trí, đời sống vật chất và tinh thần của ngư dân, gắn với bảo vệ môi trường sinh thái và quốc phòng, an ninh vùng biển, đảo của Tổ quốc. Kinh tế thủy sản đóng góp 30 - 35% GDP trong khối nông - lâm - ngư nghiệp, tốc độ tăng giá trị sản xuất ngành thủy sản từ 8 - 10%/năm. Kim ngạch xuất khẩu thủy sản đạt 8 - 9 tỷ USD. Tổng sản lượng thủy sản đạt 6,5 - 7 triệu tấn, trong đó nuôi trồng chiếm 65 - 70% tổng sản lượng. Để đáp ứng được mục tiêu này thì việc nhập khẩu nguyên liệu để chế biến là điều cần thiết, chính vì vậy kính đề nghị Bộ tài chính xem xét lại mức thuế NK nguyên liệu hiện nay đang còn quá cao, gây khó khăn cho các DN có nhu cầu NK nguyên liệu về chế biến XK. Với quan điểm đồng tình với ý kiến này của các doanh nghiệp hội viên VASEP, Bộ Nông nghiệp và PTNT cũng đã có văn bản số 3352/BNN-CB về việc “Đề xuất phương án giảm thuế nhập khẩu nguyên liệu thủy sản cho xuất khẩu”. Nội dung văn bản cũng nêu rõ tính quan trọng của việc NK nguyên liệu để chế biến XK, và những thủ tục liên quan đến thuế hiện tại đang gây cho DN không ít khó khăn mà bất cập chính là các thủ tục thanh khoản để hoàn thuế đã gây khó khăn cho các doanh nghiệp chế biến XK nhất là đối với doanh nghiệp vừa và nhỏ. Khó khăn lớn nhất ở chỗ, khi doanh nghiệp chưa chế biến hết số nguyên liệu NK quá thời hạn 275 ngày kể từ ngày đăng ký với cơ quan hải quan đến ngày thanh khoản (Thông tư số 194/2010/TT-BTC, nay là TT128/2013 thay thế TT 194/2010), thì phải tiến hành các thủ tục vay tiền tạm đóng thuế, sau khi XK xong mới được làm thủ tục hoàn thuế, các thủ tục phức tạp và mất nhiều thời gian.
3. Hiệp hội nhất trí với mức đề xuất mở cửa thuế ở mức A đối với thị trường châu Âu để phía bạn cũng cân nhắc cho phía Việt Nam được hưởng ở mức tương tự, tạo điều kiện cho việc XK vào khối thị trường đối tác quan trọng của DN XK thủy sản Việt Nam hiện nay.