Theo đó, trả lời Công văn số 06/2014/CV-VASEP ngày 9/1/2014 của VASEP về vướng mắc trong hoàn thuế bảo vệ môi trường đối với bao bì PE đóng gói thủy sản XK, Tổng cục Thuế cho biết Bộ Tài chính đã có Công văn số 5427/BTC-CST ngày 25/4/2014 với các nội dung cụ thể như sau:
1. Tổ chức, hộ gia đình, cá nhân sản xuất hoặc NK (gọi tắt là người sản xuất hoặc người NK) được hoàn lại tiền thuế bảo vệ môi trường đã nộp và tiền phạt chậm nộp nếu có (gọi tắt là hoàn lại tiền thuế), không truy nộp thuế nếu đã kê khai nhưng chưa nộp và tiền phạt chậm nộp nếu có (gọi tắt là không truy nộp thuế) từ ngày 01/01/2012 đến hết ngày 14/11/2012 đối với túi ni lông làm bao bì đóng gói sẵn hàng hóa (sau đây gọi tắt là bao bì để đóng gói sản phẩm), bao gồm:
- Người NK bao bì để đóng gói sản phẩm do người NK đó sản xuất, gia công ra hoặc mua sản phẩm về đóng gói hoặc làm dịch vụ đóng gói.
- Người sản xuất hoặc người NK bao bì bán trực tiếp cho tổ chức, hộ gia đình, cá nhân khác (gọi tắt là người mua bao bì) để đóng gói sản phẩm do người mua bao bì sản xuất, gia công ra hoặc mua sản phẩm về đóng gói hoặc làm dịch vụ đóng gói
2. Hoàn tất hồ sơ và nộp trước ngày 30/6/2013 cho cơ quan thuế hoặc cơ quan hải quan nơi đã khai, nộp thuế. Tuy nhiên, trong thực tế thực hiện có một số DN chậm hoàn thiện và nộp hồ sơ hoàn lại tiền thuế, hồ sơ không truy nộp thuế cho cơ quan thuế hoặc cơ quan hải quan kể từ ngày 30/6/2013 trở về sau. Để tháo gỡ khó khăn cho hoạt động sản xuất, kinh doanh của các DN, đề nghị Cục thuế và Cục hải quan các địa phương kiểm tra lại các hồ sơ hoàn lại tiền thuế, hồ sơ không truy nộp thuế đã nộp kể từ ngày 30/6/2013 trở về sau. Trường hợp DN thuộc đối tượng hoàn lại tiền thuế, không truy nộp thuế và đã hoàn thiện hồ sơ thì xem xét hoàn lại tiền thuế BVMT đã nộp và tiền phạt chậm nộp nếu có, không truy nộp thuế BVMT nếu đã kê khai nhưng chưa nộp và tiền phạt chậm nộp nếu có theo quy định.