Theo báo cáo của các địa phương, từ đầu năm 2014 đến nay, tổng diện tích nuôi trồng thủy sản bị thiệt hại là 49.794 ha, hơn 2.000 lồng có tôm hùm bị bệnh và hơn 9.000 ha bị thiệt hại do môi trường ô nhiễm. Một số dịch bệnh quan trọng trên tôm (bệnh đốm trắng), trên cá tra (bệnh gan thận mủ, xuất huyết), trên tôm hùm (bệnh sữa) và thiệt hại do ô nhiễm môi trường liên tục có chiều hướng gia tăng; gây tổn thất hàng nghìn tỷ đồng của người nuôi trồng thủy sản, ngân sách nhà nước và ảnh hưởng nghiêm trọng đến xuất khẩu thủy sản của nước ta.
Nguyên nhân chính là do công tác thú y thủy sản của các địa phương còn yếu kém, nhiều tồn tại, bất cập chưa được khắc phục. Để phòng, chống dịch bệnh có hiệu quả, giảm thiểu thiệt hại trong nuôi trồng thủy sản, đẩy mạnh xuất khẩu sản phẩm thủy sản từ Việt Nam sang các nước, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề nghị Chủ tịch UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và các đơn vị thuộc Bộ tập trung triển khai công tác phòng chống dịch bệnh thủy sản theo nội dung quy định tại Thông tư số 17/2014/TT-BNNPTNT ngày 20/6/2014 của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quy định về phòng, chống dịch bệnh cho động vật thủy sản nuôi; Công văn số 1730/BNN-TY ngày 3/6/2014 của Bộ gửi UBND các tỉnh, thành phố về việc triển khai các biện pháp cấp bách phòng, chống dịch bệnh trên tôm nuôi.
Theo đó, đề nghị 11 tỉnh, thành phố: Bến Tre, Vĩnh Long, Cà Mau, Hà Nội, Hải Dương, Quảng Nam, Khánh Hòa, Bình Thuận, Bình Phước, Đồng Nai, Trà Vinh ( chưa chuyển giao nhiệm vụ quản lý thú y thủy sản hoặc mới chỉ chuyển giao một phần nhiệm vụ quản lý thú y thủy sản cho Chi cục Thú y) chuyển giao cả nhiệm vụ và nhân lực cho Chi cục Thú y quản lý trước tháng 2/2015;
Khẩn trương tổ chức xây dựng, phê duyệt kế hoạch và bố trí kinh phí để triển khai công tác phòng, chống dịch bệnh thủy sản. Năm 2015, tập trung phòng, chống bệnh đốm trắng và bệnh hoại tử gan tụy cấp trên tôm nuôi nước lợ.
Rà soát, đầu tư, nâng cấp các phòng thử nghiệm của địa phương đạt chuẩn theo quy định. Rà soát, chấn chỉnh công tác kiểm dịch thủy sản đối với cơ sở sản xuất giống thủy sản để làm cơ sở cấp giấy chứng nhận kiểm dịch thủy sản giống lưu thông trong nước, giảm thiểu thủ tục, tránh gây phiền hà cho các tổ chức, cá nhân khi vận chuyển thủy sản giống đi tiêu thụ; Xây dựng và tổ chức thực hiện các dự án, kế hoạch giám sát dịch bệnh, quan trắc cảnh báo môi trường để chủ động phòng, chống dịch bệnh hiệu quả; Tổ chức thông tin tuyên truyền về các biện pháp phòng, chống dịch bệnh thủy sản, sử dụng thuốc thú y để tránh các chất tồn dư, ảnh hưởng đến xuất khẩu sản phẩm thủy sản; Tổ chức thanh tra, kiểm tra và xử lý vi phạm trong việc kinh doanh, sử dụng thuốc thú y, hóa chất cải tạo môi trường thủy sản; phòng chống dịch bệnh; kiểm dịch thủy sản và tổng hợp thông báo định kỳ, đột xuất về Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (Cục Thú y) để phối hợp xử lý vi phạm.