Theo đó, thẩm quyền Cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận điều kiện vệ sinh thú y (sau đây gọi là Giấy chứng nhận VSTY) bao gồm:
(1) Cục Thú y đối với các cơ sở xuất khẩu; cơ sở hỗn hợp xuất khẩu và tiêu dùng trong nước; cơ sở hỗn hợp xuất, nhập khẩu
(2) Chi cục Thú y vùng, Chi cục Kiểm dịch động vật vùng thuộc Cục Thú y đối với các cơ sở nhập khẩu; cơ sở hỗn hợp nhập khẩu và tiêu dùng trong nước tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương
(3) Cơ quan quản lý chuyên ngành Thú y cấp tỉnh đối với cơ sở không thuộc (1), (2) và phục vụ tiêu dùng trong nước
Trong khi đó, theo Thông tư 09/2016/TT-BNNPTNT thì cơ quan có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận VSTY bao gồm:
(a) Cục Thú y đối với cơ sở do Trung ương quản lý; các cơ sở phục vụ xuất, nhập khẩu và cơ sở hỗn hợp phục vụ xuất, nhập khẩu và phục vụ tiêu dùng trong nước
(b) Cơ quan quản lý chuyên ngành Thú y cấp tỉnh đối với cơ sở không thuộc (a) và phục vụ tiêu dùng trong nước
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 30/10/2022.