Thông tư hướng dẫn chi tiết các nghiệp vụ, hồ sơ và thủ tục liên quan đến quá trình quản lý thuế xuất nhập khẩu, bao gồm các nhóm nội dung trọng tâm sau:
- Khai thuế và Thời hạn nộp thuế: Hướng dẫn khai thuế theo từng lần phát sinh (thuế xuất khẩu, nhập khẩu, tự vệ, chống bán phá giá, GTGT...) bằng phương thức điện tử hoặc hồ sơ giấy,. Quy định cụ thể thời hạn nộp đối với hàng hóa phải phân tích, giám định, hàng hóa chưa có giá chính thức, và các trường hợp ấn định thuế,.
- Gia hạn, miễn tiền chậm nộp: Các trường hợp gặp thiên tai, thảm họa, dịch bệnh, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ hoặc phải di dời cơ sở sản xuất sẽ được xem xét gia hạn nộp thuế và miễn tiền chậm nộp,,.
- Xử lý tiền thuế nộp thừa và bù trừ: Trình tự, thủ tục xử lý khi người nộp thuế có số tiền thuế, tiền phạt nộp thừa. Cơ quan hải quan sẽ thực hiện hoàn trả hoặc lập lệnh bù trừ vào các khoản nợ thuế khác,,.
- Miễn thuế, Giảm thuế, Không thu thuế và Không chịu thuế: Hướng dẫn chi tiết hồ sơ, thủ tục đối với các danh mục đặc thù như:
- Hàng hóa dự kiến nhập khẩu miễn thuế cho các dự án đầu tư,.
- Tài sản di chuyển, quà biếu, quà tặng,.
- Hàng hóa mua bán của cư dân biên giới, hàng gia công, sản xuất xuất khẩu.
- Hàng hóa phục vụ an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học, giáo dục, hoặc khắc phục hậu quả thiên tai-.
- Hàng viện trợ không hoàn lại (ODA), viện trợ nhân đạo (không chịu thuế),.
- Ấn định thuế và Kiểm tra thuế: Quy định trình tự cơ quan hải quan tính toán, ấn định số tiền thuế phải nộp khi phát hiện người nộp thuế khai không đúng,. Đồng thời, quy định thẩm quyền, thời hạn và trình tự kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan hải quan,.
- Quản lý nợ thuế: Chi tiết các thủ tục về: khoanh tiền thuế nợ, xóa tiền thuế nợ (khi doanh nghiệp phá sản, giải thể hoặc gặp thiên tai),, và cho phép nộp dần tiền thuế nợ tối đa không quá 12 tháng (yêu cầu phải có bảo lãnh của tổ chức tín dụng).