1. Bãi bỏ toàn bộ văn bản quy phạm pháp luật (Từ Điều 1 đến Điều 12) Thông tư tuyên bố bãi bỏ toàn bộ hàng loạt Quyết định, Thông tư và Thông tư liên tịch thuộc 12 lĩnh vực quản lý nhà nước của Bộ. Các lĩnh vực này bao gồm: trồng trọt và bảo vệ thực vật, lâm nghiệp và kiểm lâm, đất đai, địa chất và khoáng sản, môi trường, bảo tồn thiên nhiên và đa dạng sinh học, khí tượng thủy văn, biển và hải đảo, khoa học và công nghệ, tổ chức cán bộ, văn phòng, và một số lĩnh vực khác. Trong đó, lĩnh vực trồng trọt và bảo vệ thực vật có số lượng văn bản bị bãi bỏ nhiều nhất với 37 văn bản (chủ yếu liên quan đến danh mục giống cây trồng).
2. Bãi bỏ một phần văn bản quy phạm pháp luật (Điều 13) Thông tư quy định bãi bỏ một số điều, khoản, điểm cụ thể tại 10 văn bản quy phạm pháp luật khác. Các nội dung bị bãi bỏ một phần liên quan đến:
- Quy chuẩn kiểm dịch và bảo vệ thực vật, quản lý thuốc thú y.
- Đánh giá tiềm năng khoáng sản, thủ tục hành chính chuyên ngành, cơ sở dữ liệu quốc gia về trồng trọt.
- Phương án sử dụng đất khi cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước.
- Phân quyền, phân cấp quản lý nhà nước trong lĩnh vực thủy sản, kiểm ngư, lâm nghiệp và kiểm lâm.
3. Các điều khoản chuyển tiếp quan trọng (Điều 15) Để đảm bảo tính liên tục của pháp luật, Thông tư đưa ra các hướng dẫn chuyển tiếp như sau:
- Đối với giống cây trồng: Các giống đã có trong Danh mục được phép sản xuất, kinh doanh bị bãi bỏ (dù có hay chưa có quyết định công nhận giống mới) vẫn được tiếp tục sử dụng, sản xuất, kinh doanh trong thời hạn 20 năm đối với giống hằng năm và 25 năm đối với giống lâu năm. Thời hạn được tính từ ngày cấp quyết định hoặc ngày Danh mục có hiệu lực và có thể được gia hạn theo Luật Trồng trọt.
- Đối với dự án đối tác công tư (PPP): Các dự án PPP lĩnh vực thủy lợi và cung cấp nước sạch nông thôn đang thực hiện trước khi Thông tư này có hiệu lực sẽ tiếp tục thực hiện theo Thông tư số 26/2023/TT-BNNPTNT và quy định chuyển tiếp tại Nghị định số 243/2025/NĐ-CP.
Đối với các chương trình, dự án lâm nghiệp: Các dự án thuộc Chương trình phát triển lâm nghiệp bền vững và Chương trình mục tiêu quốc gia phát triển kinh tế - xã hội vùng đồng bào dân tộc thiểu số và miền núi (giai đoạn 2021-2025) đã được phê duyệt sẽ tiếp tục thực hiện theo Thông tư số 22/2024/TT-BNNPTNT cho đến khi hoàn thành, nhưng không quá ngày 31 tháng 12 năm 2026.