Văn bản thiết lập một hệ thống dữ liệu đồng bộ, chuẩn hóa việc khai báo hải quan điện tử qua cơ chế một cửa và quy định sẵn các phương án dự phòng bằng chứng từ giấy khi hệ thống gặp sự cố. Bộ Tài chính quy định các nội dung nghiệp vụ cụ thể sau đây:
- Phạm vi điều chỉnh và đối tượng áp dụng: Thông tư quy định chi tiết các chỉ tiêu thông tin và mẫu chứng từ khai báo khi làm thủ tục hải quan đối với mọi phương tiện vận tải xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh qua các cửa khẩu đường hàng không, đường biển, đường sắt, đường bộ và đường thủy nội địa. Đối tượng áp dụng trực tiếp gồm cơ quan hải quan, công chức hải quan và người khai hải quan (chủ phương tiện, người điều khiển hoặc người được ủy quyền hợp pháp), cùng các cơ quan nhà nước phối hợp quản lý.
- Quy định khai báo điện tử qua Cổng thông tin một cửa quốc gia: Người khai hải quan bắt buộc phải thực hiện khai báo các chỉ tiêu dữ liệu điện tử theo quy định riêng cho từng loại hình phương tiện qua hệ thống một cửa quốc gia. Hệ thống chỉ tiêu thông tin được quy định cụ thể tại các Phụ lục ban hành kèm theo gồm: chỉ tiêu khai báo đối với tàu biển xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh, chuyển cảng (Phụ lục I); chỉ tiêu đối với tàu bay (Phụ lục II); chỉ tiêu đối với phương tiện đường thủy nội địa (Phụ lục III); chỉ tiêu đối với phương tiện đường bộ (Phụ lục IV); và chỉ tiêu đối với tàu hỏa liên vận quốc tế (Phụ lục V).
- Cơ chế xử lý dự phòng bằng chứng từ giấy khi hệ thống gặp sự cố: Trong trường hợp Cổng thông tin một cửa quốc gia gặp sự cố kỹ thuật không thể thực hiện giao dịch điện tử, người khai hải quan được phép sử dụng các mẫu chứng từ giấy để thực hiện khai báo thủ tục. Hệ thống biểu mẫu giấy dự phòng bao gồm: Phiếu chuyển hồ sơ tàu chuyển cảng đối với tàu biển (Phụ lục VI); bộ 08 mẫu chứng từ giấy khai báo đối với tàu bay (Phụ lục VII); bộ 05 mẫu khai báo đối với phương tiện đường bộ gồm tờ khai tạm nhập - tái xuất, tạm xuất - tái nhập, bản kê hàng hóa nhập khẩu (Phụ lục VIII); bộ 05 mẫu khai báo đối với tàu hỏa liên vận (Phụ lục IX); và tờ khai, bản kê hàng hóa đối với phương tiện đường thủy nội địa (Phụ lục X).
- Hiệu lực thi hành và quy định chuyển tiếp: Thông tư có hiệu lực thi hành từ ngày 15 tháng 10 năm 2026, thay thế hoàn toàn Thông tư số 50/2018/TT-BTC ngày 23/5/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính. Quy định chuyển tiếp nêu rõ: trường hợp hệ thống công nghệ thông tin của các bộ, ngành liên quan chưa đáp ứng yêu cầu kết nối chỉ tiêu thông tin điện tử mới, cơ quan có thẩm quyền chấp nhận việc tiếp tục thực hiện theo quy định cũ trong thời hạn tối đa không quá 01 năm kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực. Mọi phát sinh vướng mắc trong quá trình thực hiện cần được các tổ chức, cá nhân kịp thời phản ánh về Bộ Tài chính (thông qua Cục Hải quan) để được hướng dẫn giải quyết.