Thông tư 02/2017 sửa đổi 10 điều và thay thế Phụ lục IV bằng Phụ lục IA; Phụ lục X bằng Phụ lục IIA ban hành kèm theo Thông tư này. Một số điểm đã được sửa đổi theo hướng tích cực như: Giảm bớt 1 chỉ tiêu kiểm tra đối với mẫu Vệ sinh công nghiệp (Phụ lục IA), giảm tỷ lệ lấy mẫu đối với chỉ tiêu vi sinh khi xét duyệt cơ sở vào danh sách ưu tiên (Phụ lục II.A), giảm thời gian nhận hồ sơ và thông báo thẩm định tại cơ sở (mục 3); giảm thời gian DN chờ để quay lại danh sách ưu tiên từ 12 tháng xuống còn 3 tháng đối với cả DN hạng 1 và hạng 2; Giảm chỉ tiêu kiểm kháng sinh từ 25% xuống 20% của sản phẩm rủi ro - DN hạng 2 (Phụ lục IIA)....
Thời gian xử lý hồ sơ đăng ký cấp Giấy chứng nhận ATTP đối với thủy sản xuất khẩu đã được rút ngắn hơn so với hiện nay; cụ thể: Trong thời gian 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được hồ sơ đăng ký, Cơ quan kiểm tra, chứng nhận phải thẩm xét tính hợp lệ của hồ sơ, hướng dẫn Cơ sở bổ sung những nội dung còn thiếu hoặc chưa đúng quy định. Nếu hồ sơ hợp lệ, trong thời gian 03 ngày (quy định hiện nay là 05 ngày), Cơ quan có thẩm quyền thông báo thời điểm dự kiến thẩm định tại Cơ sở nhưng không quá 07 ngày (hiện nay là 10 ngày) kể từ ngày nhận đủ hồ sơ.
Ngoài ra, Thông tư cũng sửa đổi một số quy định về phí; cấp chứng thư và kiểm tra đột xuất....
Thông tư 02/2017/TT-BNNPTNT có hiệu lực thi hành từ 30/3/2017.
Thông tư 48/2013/TT-BNNPTNT