Theo đó, Quy trình hoàn thuế, không thu thuế gồm các bước sau:
- Tiếp nhận hồ sơ.
- Phân loại và phân công xử lý hồ sơ.
- Kiểm tra hồ sơ thuộc loại hoàn thuế, không thu thuế trước, kiểm tra sau.
- Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế.
- Hoàn thuế, không thu thuế.
- Thanh khoản và cập nhật thông tin.
- Lưu trữ hồ sơ, thông tin.
- Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa sau khi ban hành quyết định hoàn tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và hạch toán kế toán.
- Báo cáo số liệu hoàn thuế, không thu thuế.
Quy trình này áp dụng đối với thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp; thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng.
Quyết định 1780/QĐ-TCHQ thay thế Quy trình hoàn thuế, không thu thuế, xét miễn thuế, xét giảm thuế xuất khẩu, nhập khẩu ban hành kèm Quyết định 2424/QĐ-TCHQ ngày 27/11/2008.