Theo Nghị định, đối tượng áp dụng gồm: người nộp thuế theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu; cơ quan hải quan, công chức hải quan; tổ chức, cá nhân có quyền và nghĩa vụ liên quan đến hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Ngoài ra, hàng hóa nhập khẩu được áp dụng thuế suất VJEPA phải đáp ứng đủ các điều kiện sau: thuộc Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt; được nhập khẩu từ Nhật Bản vào Việt Nam; đáp ứng các quy định về xuất xứ hàng hóa (bao gồm cả quy định về vận chuyển trực tiếp), có Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) mẫu JV hoặc có chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa, theo quy định của Hiệp định Đối tác kinh tế Việt Nam – Nhật Bản và theo quy định hiện hành của pháp luật.
Bên cạnh đó, Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt của Việt Nam để thực hiện Hiệp định Đối tác kinh tế Việt Nam – Nhật Bản giai đoạn 2022 – 2028. Cột “Mã hàng” và cột “Mô tả hàng hóa” tại Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt ban hành kèm theo Nghị định này được xây dựng trên cơ sở Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam và chi tiết theo cấp mã 8 số hoặc 10 số.
Nghị định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 30/12/2022.