Tổ chức, cá nhân Việt Nam và nước ngoài sản xuất, kinh doanh, NK thực phẩm được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp giấy chứng nhận, xác nhận, kiểm tra điều kiện vệ sinh an toàn thực phẩm (VSATTP) và kiểm nghiệm VSATTP phải nộp phí, lệ phí quản lý ATVSTP theo quy định tại Thông tư này.
Phí, lệ phí quản lý ATVSTP là khoản thu thuộc ngân sách nhà nước. Cơ quan thu phí được trích 90% (chín mươi phần trăm) tổng số tiền về phí thực thu được để trang trải chi phí cho việc thu phí.
Cơ quan thu lệ phí nộp 100% (một trăm phần trăm) tổng số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo Mục lục Ngân sách nhà nước hiện hành.
Trường hợp phí thu được từ các dịch vụ không do Nhà nước đầu tư hoặc do Nhà nước đầu tư nhưng đã chuyển giao cho tổ chức, cá nhân thực hiện theo nguyên tắc hạch toán, tự chủ tài chính, là khoản thu không thuộc ngân sách nhà nước. Số tiền phí thu được là doanh thu của tổ chức, cá nhân thu phí; tổ chức, cá nhân thu phí có nghĩa vụ nộp thuế theo quy định hiện hành của nhà nước trên kết quả thu phí.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 16/12/2013. Bãi bỏ Quyết định số 80/2005/QĐ-BTC ngày 17/11/2005 của Bộ Tài chính về việc quy định mức thu, nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí quản lý chất lượng VSATTP và Quyết định số 57/2006/QĐ-BTC ngày 19/10/2006 về việc sửa đổi mức thu phí, lệ phí quản lý chất lượng VSATTP tại Quyết định định số 80/2005/QĐ-BTC ngày 17/11/2005 của Bộ Tài chính.