Bộ NN và PTNT nêu rõ, thực tế, 2 nguy cơ mà Bộ TN và MT khuyến cáo tại Công văn số 2994/BTNMT-TCMT về tôm chân trắng cho đến nay chưa thấy xảy ra ở Việt Nam. Trong tự nhiên, chưa nơi nào ở ven biển Việt Nam có xuất hiện quần đàn tôm chân trắng và không có xuất hiện dịch bệnh Taura trong tôm nuôi ở Việt Nam.
Trong quản lý sản xuất thủy sản, Bộ NN và PTNT đã triển khai công tác kiểm dịch nghiêm ngặt, chỉ những đàn tôm bố mẹ sạch bệnh mới được nhập nội và cung cấp cho người nuôi tôm chân trắng theo hình thức thâm canh, bán thâm canh ở những nơi có đủ điều kiện kiểm soát về môi trường và dịch bệnh. Ngày 18/7/2011, Bộ NN và PTNT đã ban hành Quyết định số 1617/QĐ-BNN-TCTS hướng dẫn áp dụng VietGAP đối với nuôi thương phẩm tôm sú và tôm chân trắng đảm bảo nuôi tôm an toàn thực phẩm và bảo vệ môi trường.
Còn nguy cơ xâm hại của hàu Thái Bình Dương đối với các loài khác (tương tự như nuôi trai xanh của Hà Lan) là không thể xảy ra. Hơn nữa, các loài hàu nói riêng và động vật thân mềm hai mảnh vỏ nói chung là sinh vật có lợi cho môi trường do chúng có khả năng làm sạch môi trường tự nhiên do ăn lọc sinh vật phù du và mùn bã hữu cơ. Việc phát triển nuôi hàu Thái Bình Dương ở các vùng vịnh như Hạ Long, Bái Tử Long (Vân Đồn, Quảng Ninh), Lăng Cô (Thừa Thiên Huế),… là góp phần làm sạch môi trường nước trong vịnh để duy trì cảnh quan thiên nhiên và môi trường cho các vịnh. Ngoài ra, trong thực tế, việc khai thác cạn kiệt các loài hàu bản địa ở các vùng ven biển Việt Nam đã làm giảm sút nguồn lợi đáng kể, nếu phát triển nuôi được hàu Thái Bình Dương để cung cấp làm thực phẩm sẽ góp phần bảo vệ nguồn lợi các loài hàu bản địa của nước ta.
Với các lý do trên, Bộ NN và PTNT đề nghị Bộ TN và MT xem xét đưa loài tôm chân trắng Penaeus vannamei và loài hàu Thái Bình Dương Crassostrea gigas ra khỏi danh mục loài ngoại lai có nguy cơ xâm hại đã xuất hiện trên lãnh thổ Việt Nam ban hành kèm theo Thông tư số 22/2011/TT-BTNMT.