Theo công văn, từ khi nghị định số 154/2016/NĐ-CP có hiệu lực (ngày 01/01/2017), Tổng cục Môi trường nhận được rất nhiều ý kiến vướng mắc trong đó bao gồm nội dung về việc tính phí đối với 04 thông số kim loại nặng như VASEP đã nêu trong công văn 78/2017/CV-VASEP. Tổng cục Môi trường nhận thấy một số nội dung sẽ gây nhiều khó khăn khi triển khai. Vì vậy, Tổng cục Môi trường đã tham mưu Lãnh đạo Bộ TN&MT báo cáo Thủ tướng Chính phủ về bất cập của Nghị định số 154/2016/NĐ-CP tại công văn số 1941/BTNMT-TCMT ngày 21/4/2017, đồng thời có công văn số 2055/BTNMT-TCMT ngày 27/4/2017 đề nghị Bộ Tài chính cho ý kiến hướng dẫn, tháo gỡ các vướng mắc trong thực hiện quy định về phí bảo vệ môi trường đối với nước thải.