Mục tiêu chính của quy hoạch là: Phát triển nuôi cá rô phi trở thành ngành sản xuất hàng hóa lớn, hiệu quả, bền vững với sản phẩm đa dạng, giá trị cao để đáp ứng thị trường xuất khẩu và tiêu thụ trong nước; Sản xuất đủ con giống chất lượng cao cung cấp cho nuôi thương phẩm; Kiểm soát tốt dịch bệnh trong sản xuất; Góp phần tạo công ăn việc làm và nâng cao thu nhập cho người dân.
Theo Quy hoạch, đến năm 2020, diện tích nuôi cá rô phi tại các vùng trên cả nước đạt 33.000 ha và 1,5 triệu m3 lồng nuôi trên sông và hồ chứa lớn. Sản lượng đạt 300.000 tấn, trong đó 50-60% đủ tiêu chuẩn chế biến xuất khẩu. Sản xuất được 100% nhu cầu về số lượng và chất lượng con giống sạch bệnh phục vụ nuôi thương phẩm. Tạo công ăn việc làm cho khoảng 54.350 lao động trực tiếp và 5.000 lao động gián tiếp.
Đến năm 2030, diện tích nuôi cá rô phi đạt 40.000 ha và 1,8 triệu m3 lồng nuôi trên hệ thống sông và hồ chứa lớn. Sản lượng đạt 400.000 tấn, trong đó 45-50% phục vụ xuất khẩu. Sản xuất đáp ứng được 100% nhu cầu về số lượng và chất lượng con giống sạch bệnh phục vụ nuôi thương phẩm. Tạo công ăn việc làm cho khoảng 67.500 lao động trực tiếp và 8.000 lao động gián tiếp.
Có 03 loài được chọn làm đối tượng nuôi chủ yếu, gồm: cá rô phi Vằn, cá rô phi Lai khác loài giữa rô phi Vằn và rô phi Xanh và cá rô phi Đỏ. Tập trung phát triển theo 07 vùng sinh thái gồm: Trung du miền núi phía Bắc, Đồng bằng Bắc bộ, Bắc Trung Bộ, Nam Trung bộ, các tỉnh Tây Nguyên, Đông Nam bộ và vùng Tây Nam Bộ.
Về chế biến và tiêu thụ sản phẩm, sẽ phát triển hệ thống cơ sở chế biến cá rô phi gắn với vùng sản xuất cá rô phi trọng điểm phục vụ xuất khẩu. Đối với thị trường nội địa, chủ yếu cung cấp sản phẩm dưới dạng tươi sống và nguyên con tươi, bảo quản lạnh. Đối với thị trường xuất khẩu chính như Hoa Kỳ, châu Phi, Trung Đông và một số thị trường tiềm năng khác, tập trung phân khúc sản phẩm có giá bán cao, ưu tiên sản phẩm phi lê đông lạnh, sản phẩm giá trị gia tăng sử dụng nguyên liệu cá rô phi được nuôi trong khu vực nước lợ hoặc nước ngọt chất lượng tốt để nâng cao giá bán và sức cạnh tranh.
Quyết định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký.