Nghị định cũng quy định cụ thể thời hạn khai HQ điện tử đối với hàng hóa XK,NK thương mại được thực hiện theo quy định tại Khoản 1, Khoản 2 Điều 18 Luật Hải quan. Cụ thể: Hàng hoá NK được thực hiện trước ngày hàng hoá đến cửa khẩu hoặc trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày hàng hoá đến cửa khẩu; tờ khai HQ có giá trị làm thủ tục HQ trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày đăng ký; Hàng hoá XK được thực hiện chậm nhất là 8 giờ trước khi phương tiện vận tải xuất cảnh; tờ khai HQ có giá trị làm thủ tục HQ trong thời hạn 15 ngày, kể từ ngày đăng ký.
Người khai HQ phải khai đầy đủ, chính xác, rõ ràng các thông tin theo các tiêu chí quy định tại Tờ khai HQ điện tử; tự tính để xác định số thuế, các khoản thu khác phải nộp ngân sách nhà nước và chịu trách nhiệm trước pháp luật về các nội dung đã khai.
Hàng hóa thực tế được kiểm tra một phần hoặc toàn bộ lô hàng bằng các hình thức: máy móc, thiết bị kỹ thuật, các biện pháp nghiệp vụ hoặc do công chức HQ trực tiếp thực hiện. Nội dung kiểm tra thực tế hàng hóa gồm: kiểm tra tên hàng, mã số, số lượng, trọng lượng, chủng loại, chất lượng, xuất xứ của hàng hóa; đối chiếu thực tế hàng hóa kiểm tra với hồ sơ HQ điện tử.
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2013.