Với mong muốn xây dựng Nghị định 36/2014/NĐ-CP trở thành một công cụ quản lý thực sự hiệu quả toàn bộ chuỗi giá trị ngành cá tra Việt Nam, nhằm đưa ngành sản xuất, chế biến và xuất khẩu cá tra phát triển bền vững, cộng đồng doanh nghiệp chế biến và xuất khẩu cá tra đồng bằng sông Cửu Long, hội viên và Hiệp hội VASEP đã nhiều lần gửi công văn trình Thủ tướng và phản ánh với Bộ Nông nghiệp & Phát triển Nông thôn các kiến nghị về việc xem xét sửa đổi những nội dung chưa phù hợp của Nghị định với tình hình các doanh nghiệp cá tra hiện nay và vận động của thị trường nhập khẩu cá tra. Tuy nhiên đến nay Hiệp hội vẫn chưa nhận được ý kiến chỉ đạo của Chính phủ và trả lời của Bộ về nội dung các kiến nghị nêu trên.
Nhận thấy một số điểm quy định nêu trong Nghị định liên quan đến chất lượng cá tra và thủ tục xuất khẩu nếu được áp dụng chắc chắn sẽ gây thêm nhiều khó khăn cho chế biến và xuất khẩu cá tra. Và để sớm có được các giải pháp hợp lý, tránh những thông tin sai lệch và đánh giá không chính xác về ý kiến của cộng đồng doanh nghiệp cá tra, Hiệp hội kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo tổ chức trong đầu tháng 9/2014 một buổi đối thoại công khai, dân chủ giữa lãnh đạo Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, có sự tham gia của đại diện Bộ Công Thương, Bộ Tài chính, Bộ Tư pháp, Văn phòng Chính phủ, Phòng Thương mại và Công nghiệp Việt Nam, Ủy ban Nhân dân các tỉnh có nuôi cá tra,…với đại diện tất cả các doanh nghiệp cá tra Đồng bằng sông Cửu Long.