1. Áp dụng quản lý rủi ro, kiểm tra sau thông quan và công nhận chứng từ nước xuất khẩu
Trước kiến nghị chuyển mạnh sang quản lý theo rủi ro, hậu kiểm và kế thừa dữ liệu chứng từ hợp lệ của nước xuất khẩu nhằm tránh kiểm tra trùng lặp cho doanh nghiệp tuân thủ tốt, Cục Hải quan cho biết quy trình kiểm tra hồ sơ và thực tế hàng hóa hiện nay đã được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro và mức độ tuân thủ của doanh nghiệp.
Triển khai Luật Hải quan số 11/2026/QH16, cơ quan Hải quan đang xây dựng dự thảo Nghị định và Thông tư mới (thay thế Thông tư 81/2019/TT-BTC và Thông tư 06/2024/TT-BTC). Văn bản mới sẽ thể chế hóa nguyên tắc "tuân thủ càng tốt, thuận lợi càng cao", ưu tiên thủ tục, miễn hoặc giảm mức độ kiểm tra cho doanh nghiệp chấp hành tốt pháp luật. Đồng thời, phương thức quản lý sẽ từng bước tự động hóa quy trình, đánh giá liên tục trên hệ thống dữ liệu số khép kín theo tinh thần Nghị quyết số 57-NQ/TW của Bộ Chính trị. Đối với việc công nhận, kế thừa chứng từ nước xuất khẩu, cơ quan Hải quan thực hiện theo các điều ước quốc tế, thỏa thuận song phương và quy định pháp luật Việt Nam để bảo đảm tính pháp lý và khả năng xác minh.
2. Xử lý chênh lệch khối lượng thực nhận và đề xuất mức dung sai kỹ thuật ±2%
Đối với đề xuất thiết lập cơ chế công nhận mức dung sai kỹ thuật ±2% cho các chênh lệch khối lượng khách quan do hao hụt tự nhiên hoặc sai số cân, tránh yêu cầu cấp lại Health Certificate (H/C) hoặc Catch Certificate (C/C), Cục Hải quan đã có Công văn số 16413/CHQ-GSQL ngày 19/5/2026 hướng dẫn cụ thể về thủ tục khai sửa đổi, bổ sung hồ sơ hải quan khi có chênh lệch khối lượng.
Riêng về đề xuất áp dụng mức dung sai kỹ thuật ±2% và cơ chế điều chỉnh chứng từ mà không phải xin cấp lại từ nước ngoài, nội dung này thuộc thẩm quyền và quy định của pháp luật chuyên ngành; do đó Cục Hải quan đề nghị VASEP chủ động kiến nghị Bộ Nông nghiệp và Môi trường để được xem xét sửa đổi các quy định liên quan.
3. Sử dụng khối lượng thực nhập tại nhà máy làm căn cứ trừ lùi và cấp chứng nhận
Đối với kiến nghị cho phép doanh nghiệp sử dụng khối lượng thực nhập theo hồ sơ cân, phân loại tại nhà máy làm cơ sở trừ lùi nguyên liệu và cấp chứng nhận xuất khẩu mà không bắt buộc phải sửa hoặc xin cấp lại H/C, C/C, Cục Hải quan khẳng định việc chấp nhận số liệu thực tế này cần tuân thủ quy định chuyên ngành và thuộc thẩm quyền giải quyết của cơ quan quản lý chuyên ngành. Cục Hải quan đề nghị VASEP làm việc trực tiếp với cơ quan quản lý chuyên ngành thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường để được hướng dẫn.
4. Cơ chế tự cân, phân loại và cắt seal đối với lô hàng rủi ro thấp
Đối với đề xuất cho phép doanh nghiệp tự cân, phân loại và lưu trữ hồ sơ, dữ liệu, hình ảnh ngay sau khi cắt seal mà không cần cán bộ có mặt trực tiếp đối với các lô hàng rủi ro thấp, Cục Hải quan nêu rõ: Về công tác giám sát hải quan, cơ quan Hải quan đã và đang thực hiện kiểm tra, giám sát hàng hóa nhập khẩu theo đúng nguyên tắc quản lý rủi ro quy định tại Điều 16 Luật Hải quan. Về hoạt động giám sát phục vụ truy xuất nguồn gốc chuyên ngành, đề nghị VASEP liên hệ Bộ Nông nghiệp và Môi trường để được hướng dẫn cụ thể.
5. Phối hợp, làm việc với các quốc gia cung ứng nguyên liệu
Liên quan đến kiến nghị cơ quan nhà nước tăng cường làm việc với cơ quan có thẩm quyền của các quốc gia cung cấp nguyên liệu nhằm thống nhất phương thức xử lý chênh lệch khối lượng và chứng từ, Cục Hải quan thông tin rằng Chính phủ hiện đã giao Bộ Nông nghiệp và Môi trường làm cơ quan đầu mối trao đổi, làm việc với các quốc gia cung cấp nguyên liệu thủy sản. VASEP cần chủ động đề xuất và phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Môi trường để triển khai nhiệm vụ này.
6. Thống nhất liên ngành và xây dựng Đề án kiểm tra chuyên ngành tại cửa khẩu
Trước yêu cầu cần sự thống nhất đồng bộ giữa Bộ Tài chính, cơ quan Hải quan, Bộ Nông nghiệp và Môi trường để tránh phát sinh thêm thủ tục và chi phí lưu kho bãi, Cục Hải quan cho biết hiện tại hàng hóa nhập khẩu được giải quyết thông quan trên cơ sở kết quả của cơ quan kiểm tra chuyên ngành thuộc các Bộ, ngành.
Để giải quyết tận gốc bất cập này, Bộ Tài chính đang chủ trì nghiên cứu, xây dựng Đề án thống nhất cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra chuyên ngành tại cửa khẩu. Theo Đề án, cơ quan Hải quan sẽ là đầu mối duy nhất thực hiện kiểm tra chuyên ngành tại cửa khẩu dựa trên nền tảng quản lý rủi ro, Cơ chế một cửa quốc gia và chia sẻ dữ liệu số liên thông giữa các cơ quan. Mô hình mới sẽ khắc phục triệt để tình trạng kiểm tra chồng chéo, giảm đầu mối thủ tục và rút ngắn thời gian thông quan khi doanh nghiệp chỉ cần nộp 01 bộ hồ sơ trên 01 hệ thống duy nhất để giải quyết đồng thời cả thủ tục hải quan lẫn kiểm tra chuyên ngành.