Theo quy định tại Thông tư số 01/2012/TT-BTC (TT01), ngày 3/01/2012, hướng dẫn việc thông quan hàng hóa xuất, NK phải kiểm dịch của Bộ Tài Chính, hàng hóa NK phải kiểm dịch chỉ được phép mang ra khỏi cảng khi có Giấy vận chuyển hàng hóa và khi có Giấy chứng nhận kiểm dịch.
Các DN thủy sản đều cho rằng, so với quy trình cũ tiến độ nhận hàng chậm hơn và đặc biệt phát sinh nhiều chi phí phải trả cho cảng do hàng hóa bị lưu giữ ở cảng (chi phí lưu công + cắm điện tại cảng khoảng ≥ 120 USD/ngày/1cont) để chờ có Giấy chứng nhận kiểm dịch. Căn cứ vào ý kiến kiến nghị của DN hội viên, ngày 24/8/2012, VASEP đã có buổi làm việc với Bộ trưởng Bộ NN và PTNT Cao Đức Phát về 12 kiến nghị của DN thủy sản, trong đó có kiến nghị về những khó khăn khi thực hiện TT01.
Ngày 29/8/2012, Bộ NN và PTNT đã có thông báo ý kiến của Bộ trưởng Cao Đức Phát về việc giải quyết kiến nghị của VASEP. Nhưng cho tới nay, văn phòng Hiệp hội vẫn nhận được kiến nghị của một số DN phản ánh về khó khăn thực hiện thủ tục kiểm dịch hàng thủy sản đông lạnh NK do thời gian kéo dài làm phát sinh nhiều chi phí. Để giảm bớt khó khăn cho DN thủy sản, căn cứ chỉ đạo của Bộ trưởng Bộ NN và PTNT, VASEP đề nghị Cục Thú y:
1. Tiến hành cấp sớm Giấy Chứng nhận kiểm dịch cho những lô hàng đã đủ điều kiện cấp Giấy Chứng nhận kiểm dịch (có đủ Health Certificate bản chính của nước XK, không phải chờ kết quả kiểm phóng xạ).
2. Đối với những lô hàng phải chờ kết quả kiểm, hoặc chờ H/C bản chính từ khách hàng, đề nghị cơ quan kiểm dịch cấp ngay cho DN “Giấy phép vận chuyển hàng hóa” để DN làm thủ tục HQ và mang hàng về kho tạm bảo quản. Áp dụng cho cả hàng nhập để gia công, kinh doanh và sản xuất XK.