Ngày 8/4/2010, Bộ NN & PTNT đã ban hành Thông tư 25/2010/TT-BNNPTNT (TT 25) hướng dẫn việc kiểm tra VSATTP đối với hàng hóa có nguồn gốc động vật nhập khẩu và có hiệu lực từ ngày 1/7/2010. Sau đó, với sự điều chỉnh phù hợp, ngày 8/9/2010, Bộ NN & PTNT đã ban hành Thông tư 51/2010/TT-BNNPTNT (TT 51) sửa đổi một số Điều của TT 25 & Thông tư 06, trong đó qui định rõ: ”Hàng hóa có nguồn gốc động vật nhập khẩu dùng làm nguyên liệu gia công, chế biến xuất khẩu không bắt buộc phải thực hiện các qui định tại Khoản 1 Điều 5 TT 25”, nghĩa là cơ sở sản xuất kinh doanh ở nước ngoài không phải đăng ký Cơ sở xuất khẩu với cơ quan thẩm quyền Việt Nam (nằm trong danh sách được phép XK vào Việt Nam) nếu xuất khẩu lô hàng nhập về Việt Nam để gia công, sản xuất xuất khẩu.
Hiện nay, Cục An toàn Vệ sinh Thực phẩm (ATVSTP) của Nhật Bản là đơn vị chính thức được Nhật Bản chỉ định là CQTQ để nhận đăng ký và cấp Chứng thư vệ sinh (H/C) cho các lô hàng thủy sản của các DN XK vào Việt Nam theo đúng tinh thần nội dung của TT25. Mẫu H/C cũng được Cục phát hành riêng cho thủy sản XK sang Việt Nam và được phía Việt Nam chấp thuận.
Theo TT25 và TT51, thì các DN nước ngoài khi XK thủy sản vào Việt Nam cho mục đích gia công hoặc SXXK thì không phải đăng ký Cơ sở nhưng phải thực hiện quy trình kiểm tra để có H/C. Tuy nhiên, theo phản ánh của 1 số doanh nghiệp (DN) nhập khẩu thủy sản từ Nhật Bản, thông qua các bạn hàng tại Nhật, được biết Cục ATVSTP Nhật Bản vẫn chưa cập nhật đầy đủ nội dung của TT 51 (điều chỉnh 1 số điều TT25) nên họ đang không cấp H/C cho các cơ sở chưa đăng ký với họ vào danh sách XK sang Việt Nam (dù là XK cho mục đích nào). Điều này không chỉ gây khó hiểu cho các bạn hàng Nhật Bản, chưa đúng với nội dung đã được điều chỉnh tại TT51 mà còn hạn chế lớn đến hoạt động thông thương 2 chiều của các DN hai nước.
Để tháo gỡ kịp thời cho DN, Hiệp hội VASEP đề nghị Quý Cục thông qua đường chính thức giữa 2 cơ quan thẩm quyền của 2 nước thông báo cho Cục ATVSTP Nhật Bản biết rõ về qui định tại TT51 của Việt Nam đã có hiệu lực từ tháng 9/2010 và đề nghị Cục ATVSTP Nhật Bản xem xét điều chỉnh việc cấp H/C cho tất cả các lô hàng thủy sản của các Cơ sở có yêu cầu cấp H/C khi XK vào Việt Nam.