Chương trình hành động tổng thể đề ra 6 nhóm nhiệm vụ và giải pháp cụ thể chính, bao gồm: (1) Rà soát, hoàn thiện và bổ sung hệ thống cơ chế, chính sách; (2) Cập nhật và hệ thống hóa số liệu, dữ liệu liên ngành, tăng cường điều tra cơ bản; (3) Xây dựng quy hoạch và tổ chức không gian lãnh thổ; (4) Xây dựng cơ cấu kinh tế hợp lý thích ứng với biến đổi khí hậu; (5) Đầu tư và phát triển hạ tầng; (6) Phát triển và huy động nguồn lực.
Chương trình hành động tổng thể thực hiện Nghị quyết số 120/NQ-CP được phân kỳ thực hiện theo các giai đoạn: Giai đoạn đến năm 2020, giai đoạn 2021 - 2030, định hướng giai đoạn 2031 - 2050 và đến năm 2100.
Trọng tâm của giai đoạn từ nay đến năm 2020 là thực hiện những nhiệm vụ cấp bách đã nêu trong Nghị quyết số 120/NQ-CP. Trong đó, ưu tiên giải quyết vấn đề sạt lở bờ biển, bờ sông, rạch và sụt lún đất trong vùng đang diễn ra rất nhanh và ngày càng trầm trọng; triển khai quy hoạch, thiết kế các dự án cần đầu tư quy mô lớn ở giai đoạn tiếp theo nhằm triển khai mô hình kinh tế - xã hội của vùng một cách bền vững và chủ động thích ứng với biến đổi khí hậu.