UBND các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương hướng dẫn, hỗ trợ cơ sở nuôi, cơ sở thu gom, sơ chế thủy sản áp dụng quy trình sản xuất, chương trình quản lý chất lượng tiên tiến để đảm bảo an toàn thực phẩm; hỗ trợ các doanh nghiệp chế biến xuất khẩu thủy sản kết nối, xây dựng các vùng nguyên liệu thuỷ sản đảm bảo yêu cầu của thị trường xuất khẩu và truy xuất được nguồn gốc sản phẩm.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn tổ chức giám sát tồn dư hóa chất độc hại trong thủy sản nuôi để kịp thời phát hiện, cảnh báo, truy xuất, xử lý tận gốc đối với sản phẩm, cơ sở vi phạm.
Đồng thời, đảm bảo quy trình kiểm tra, kiểm nghiệm và cấp chứng nhận an toàn thực phẩm (chứng thư) cho lô hàng thủy sản xuất khẩu một cách chặt chẽ nhằm giảm thiểu các lô hàng được cấp chứng thư xuất khẩu bị cảnh báo, trả về.