2. Mục tiêu cụ thể cho từng giai đoạn:
a) Giai đoạn từ nay đến năm 2010:
- Nghiên cứu tạo ra và ứng dụng vào sản xuất một số giống thuỷ sản có năng suất và chất lượng cao; tạo ra các chế phẩm công nghệ sinh học thuỷ sản mới, đặc biệt là thức ăn và thuốc chữa bệnh phục vụ có hiệu quả cho nuôi trồng thủy sản và giảm thất thoát sau thu hoạch; tăng tỷ lệ các sản phẩm thuỷ, hải sản qua chế biến;
- Ứng dụng công nghệ sinh học để phòng trị có hiệu quả các bệnh nguy hiểm thường gặp trên các đối tượng nuôi thuỷ sản chủ lực; xử lý chất thải và phế thải từ nuôi trồng, chế biến thuỷ sản phục vụ bảo vệ môi trường; bảo tồn, phát triển, khai thác hợp lý và sử dụng bền vững các nguồn gen động vật thuỷ và vi tảo biển;
- Tăng cường tiềm lực về cơ sở vật chất kỹ thuật và đào tạo nguồn nhân lực phục vụ có hiệu quả cho việc nghiên cứu khoa học, giảng dạy, chuyển giao, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực thủy sản;
- Bảo đảm 30% nhu cầu giống các đối tượng nuôi thủy sản chủ lực (tôm sú, cá tra, cá rô phi, tôm càng xanh, cua biển, cá hồng, cá tráp, cá giò, cá song, nghêu...) được sản xuất có chất lượng cao, sạch bệnh; sản lượng các đối tượng nuôi trồng thủy sản chủ lực tăng 15% nhờ phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực thủy sản.
b) Giai đoạn 2011 - 2015:
- Tiếp tục nghiên cứu tạo ra các giống thuỷ sản, chế phẩm công nghệ sinh học, vacxin mới… phục vụ nuôi trồng, phòng bệnh và điều trị một số bệnh nguy hiểm, thường gặp ở các đối tượng nuôi thủy sản chủ lực; phát triển công nghệ bảo quản và chế biến sản phẩm thuỷ, hải sản. Bước đầu phát triển ngành công nghiệp sinh học thuỷ sản;
- Tăng cường năng lực nghiên cứu khoa học, phát triển, chuyển giao và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực thủy sản thêm một bước;
- Bảo đảm 70% nhu cầu giống các đối tượng nuôi thuỷ sản chủ lực (tôm sú, cá tra, cá rô phi, tôm càng xanh, cua biển, cá hồng, cá tráp, cá giò, cá song, nghêu...) được sản xuất có chất lượng cao, sạch bệnh; sản lượng các đối tượng nuôi trồng thủy sản chủ lực tăng 20% nhờ phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực thủy sản.
c) Tầm nhìn đến năm 2020:
- Đưa công nghệ sinh học thuỷ sản đạt trình độ các nước tiên tiến trong khu vực Đông Nam Á. Hình thành được mạng lưới các doanh nghiệp công nghệ sinh học thuỷ sản vừa và nhỏ, hoạt động có hiệu quả phục vụ tốt việc nuôi trồng, phòng trị bệnh và chế biến thuỷ sản;
- Bảo đảm 100% nhu cầu giống các đối tượng nuôi thuỷ sản chủ lực (tôm sú, cá tra, cá rô phi, tôm càng xanh, cua biển, cá hồng, cá tráp, cá giò, cá song, nghêu...) được sản xuất là giống có chất lượng cao, sạch bệnh, phù hợp với các vùng sinh thái khác nhau; sản lượng các đối tượng nuôi trồng thủy sản chủ lực tăng 30% nhờ phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học trong lĩnh vực thuỷ sản.