Mục đích phối hợp là thiết lập cơ chế phối hợp đồng bộ giữa các cấp, ngành từ Trung ương đến địa phương trong quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển, hải đảo. Nguyên tắc phối hợp bảo đảm sự quản lý thống nhất, liên vùng; bảo đảm đồng bộ, hiệu quả, phân công rõ trách nhiệm của từng cơ quan trong việc chủ trì, phối hợp thực hiện quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển, hải đảo.
Quyết định này có hiệu lực thi hành từ ngày 15/6/2013.