Tùy theo tính chất, mức độ vi phạm, tổ chức, cá nhân vi phạm hành chính về ATTP còn có thể bị áp dụng một hoặc các hình thức xử phạt bổ sung như tước quyền sử dụng Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP; Giấy tiếp nhận bản công bố hợp quy; Tịch thu tang vật, phương tiện vi phạm hành chính về ATTP...
Nghị định quy định rõ, tổ chức, cá nhân vi phạm quy định về sử dụng nguyên liệu thực phẩm bị phạt từ 3-20 triệu đồng. Vi phạm quy định về sử dụng phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thực phẩm trong sản xuất, chế biến thực phẩm bị phạt từ 3-40 triệu đồng. Vi phạm quy định về sử dụng hóa chất trong sản xuất, chế biến thực phẩm bị phạt từ 15-50 triệu đồng. Vi phạm quy định về sử dụng vi chất dinh dưỡng trong sản xuất, chế biến thực phẩm bị phạt từ 3-5 triệu đồng.
Đối với hành vi sử dụng hóa chất bị cấm sử dụng trong sản xuất, chế biến thực phẩm bị phạt từ 30-50 triệu đồng. Hình thức xử phạt bổ sung là tước quyền sử dụng Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện ATTP từ 9-12 tháng trong trường hợp tái phạm.
Nghị định này có hiệu lực kể từ ngày 25/12/2012.