Theo đó, nghị định này áp dụng đối với việc quản lý các loại thuế; phí, lệ phí; tiền thuê đất, thuê mặt nước; tiền sử dụng đất; thu từ khai thác tài nguyên khoáng sản và các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước do cơ quan quản lý thuế quản lý thu theo quy định của pháp luật.
Nghị định gồm 56 Điều, tập trung vào các nội dung: Áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế; Nguyên tắc tính thuế, khai thuế, nộp thuế; Xác định trước mã số, xác định trước trị giá hải quan, xác nhận trước xuất xứ cho hàng hóa xuất nhập khẩu; Áp dụng biện pháp ưu tiên trong quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu; Thay đổi, bổ sung thông tin đăng ký thuế; Hồ sơ khai thuế; Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế; Khai thuế giá trị gia tăng; Khai thuế thu nhập DN; Khai thuế tiêu thụ đặc biệt; Khai thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu; Khai thuế tài nguyên (trừ dầu thô, khí thiên nhiên); Khai thuế bảo vệ môi trường; Khai thuế thu nhập cá nhân; Khai thuế môn bài; Khai thuế, khoản thu thuộc ngân sách nhà nước về đất đai; Khai phí, lệ phí, các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước; Khai thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập DN (hoặc thuế thu nhập cá nhân) của tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam, khai thuế liên quan hồ sơ áp dụng Hiệp định thuế và các thỏa thuận quốc tế khác; Khai thuế đối với trường hợp nộp thuế theo phương pháp khoán thuế;
Nghị định cũng quy định chi tiết việc xóa nợ tiền thuế, tiền phạt không có khả năng thu hồi phát sinh trước ngày 1/7/2007. Bộ Tài chính sẽ hướng dẫn cụ thể các điều kiện xóa nợ tiền thuế, tiền phạt, hồ sơ, thủ tục, trình tự giải quyết xóa nợ tiền thuế, tiền phạt đối với các trường hợp.
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 15/9/2013 và thay thế các Nghị định số 85/2007/NĐ-CP và 106/2010/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế.