Thông tư này quy định: Điều kiện sản xuất kinh doanh giống thủy sản; Chất lượng giống thủy sản; Khảo nghiệm, kiểm định giống thủy sản; Kiểm tra điều kiện sản xuất và chất lượng giống thủy sản. Cụ thể:
1 - Điều kiện sản xuất kinh doanh giống thủy sản quy định:
Điều kiện đối với cơ sở sinh sản giống thủy sản
Điều kiện đối với cơ sở ương, dưỡng giống thủy sản
Điều kiện đối với cơ sở sản xuất kinh doanh giống thủy sản bố mẹ
2 - Chất lượng giống thủy sản quy định:
Công bố tiêu chuẩn áp dụng đối với giống thủy sản
Chứng nhận hợp quy và công bố hợp quy giống thủy sản
Chất lượng giống thủy sản
3 - Khảo nghiệm, kiểm định giống thủy sản quy định:
Nguyên tắc về khảo nghiệm
Điều kiện đối với cơ sở khảo nghiệm giống thuỷ sản
Thủ tục công nhận cơ sở đủ điều kiện khảo nghiệm
Thủ tục khảo nghiệm giống thủy sản
Thủ tục công nhận giống thủy sản mới
Kiểm định giống thủy sản
4 - Kiểm tra điều kiện sản xuất và chất lượng giống thủy sản quy định:
Kiểm tra điều kiện cơ sở sản xuất kinh doanh giống thủy sản
Kiểm tra chất lượng giống thủy sản trong sản xuất kinh doanh
Kiểm tra chất lượng giống thủy sản NK
Kiểm tra cơ sở sản xuất giống thuỷ sản tại nước XK
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 5/7/2013 và thay thế những nội dung liên quan đến khảo nghiệm giống thủy sản tại Quyết định số 18/2002/QĐ-BTS ngày 3/6/2002 của Bộ trưởng Bộ Thủy sản về việc ban hành quy chế khảo nghiệm giống thủy sản, thức ăn, thuốc, hóa chất và chế phẩm sinh học dùng trong nuôi trồng thủy sản; thay thế Khoản 3 mục III Thông tư số 02/2006/TT-BTS ngày 20/3/2006 của Bộ Thủy sản về việc hướng dẫn thực hiện Nghị định số 59/2005/NĐ-CP ngày 4/5/2005 của Chính phủ về điều kiện sản xuất, kinh doanh một số ngành nghề thủy sản.