Theo Thông tư này, trong trường hợp Quy chuẩn kỹ thuật Quốc gia tương ứng được ban hành thì mức giới hạn tối đa dư lượng thuốc thú y trong thực phẩm được thực hiện theo Quy chuẩn kỹ thuật đó.
Thông tư cũng bãi bỏ Phần 2 “Giới hạn tối đa dư lượng thuốc thú y trong thực phẩm” ban hành kèm theo Quyết định số 46/2007/QĐ-BYT ngày 19/12/2007 của Bộ trưởng Bộ Y tế về “Quy định giới hạn tối đa ô nhiễm sinh học và hoá học trong thực phẩm” kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực.
Thông tư này sẽ được soát xét sửa đổi, bổ sung tùy thuộc vào yêu cầu quản lý. Trong quá trình thực hiện, nếu có vướng mắc, các cơ quan, tổ chức, cá nhân cần kịp thời phản ánh về Bộ Y tế (Cục An toàn thực phẩm) để xem xét, giải quyết.