Thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập DN bao gồm:
DN tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.
Cơ quan thuế khi kiểm tra, thanh tra đối với DN phải kiểm tra các điều kiện được hưởng ưu đãi thuế, số thuế thu nhập DN được miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng điều kiện thực tế mà DN đáp ứng được. Trường hợp DN không đảm bảo các điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế thì cơ quan thuế xử lý truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.
Thông tư này có hiệu lực từ ngày 10/9/2012 và áp dụng cho kỳ tính thuế thu nhập DN từ năm 2012 trở đi.