Đối tượng áp dụng Thông tư là: Các cơ quan quản lý thuộc ngành NN và PTNT; Các cơ sở sản xuất kinh doanh nông lâm thuỷ sản và muối dùng làm thực phẩm; Các tổ chức và cá nhân có liên quan.
Đối tượng thực phẩm cần thực hiện đánh giá nguy cơ an toàn thực phẩm: là khi xảy ra một hoặc một số trường hợp sau:
1. Thực phẩm có tỷ lệ gây ngộ độc cao;
2. Thực phẩm có khả năng gây bệnh nguy hiểm;
3. Thực phẩm có kết quả lấy mẫu giám sát cho thấy tỷ lệ vi phạm các quy định, quy chuẩn kỹ thuật về an toàn thực phẩm ở mức cao;
4. Thực phẩm cần quy định hoặc bổ sung quy định về chỉ tiêu an toàn thực phẩm;
5. Thực phẩm cần phân tích nguy cơ an toàn thực phẩm theo yêu cầu quản lý.
Cơ quan đầu mối, Cơ quan quản lý chuyên môn trung ương, địa phương lập kế hoạch, dự trù kinh phí từ nguồn ngân sách hàng năm, trình cấp có thẩm quyền phê duyệt và tổ chức triển khai thực hiện sau khi được phê duyệt.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 20/2/2013.