Trong Thông tư, Bộ Tài chính nêu rõ các quy định về việc thông quan đối với hàng hóa NK; XK; tạm nhập tái xuất; tạm xuất tái nhập; hàng hóa quá cảnh, chuyển khẩu, trung chuyển; hàng XNK phi mậu dịch; hàng trao đổi của cư dân biên giới.
Về trách nhiệm, chủ lô hàng XK, NK thuộc diện phải kiểm dịch ngoài việc thực hiện thủ tục hải quan theo quy định hiện hành và thông quan hàng hóa theo hướng dẫn tại Thông tư này còn phải có trách nhiệm bảo quản nguyên trạng hàng hóa đối với lô hàng được đưa về địa điểm kiểm dịch ngoài địa bàn quản lý hải quan để thực hiện các yêu cầu về kiểm dịch; nộp Giấy chứng nhận kiểm dịch cho cơ quan Hải quan để hoàn thành thủ tục thông quan hàng hóa theo đúng thời hạn quy định; thực hiện quyết định xử lý của cơ quan có thẩm quyền đối các hành vi vi phạm pháp luật có liên quan đến thủ tục kiểm dịch và thủ tục hải quan.
Trong khi đó, cơ quan Hải quan phải có trách nhiệm theo dõi hồ sơ các lô hàng giao cho chủ hàng mang về bảo quản chờ kết quả kiểm dịch. Trước 5 ngày, ngày hết hạn nộp Giấy chứng nhận kiểm dịch, cơ quan Hải quan phải có văn bản thông báo chủ hàng đến nộp Giấy chứng nhận kiểm dịch để hoàn thành việc thông quan hàng hóa. Khi chủ hàng có vi phạm quy định về nộp Giấy chứng nhận kiểm dịch hoặc hàng hóa không đáp ứng yêu cầu kiểm dịch, cơ quan Hải quan phải căn cứ trên những quy định hiện hành để xử lý.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 15/2/2012 và thay thế các nội dung hướng dẫn về thủ tục thông quan hàng hóa XK, NK phải kiểm dịch nêu tại Thông tư liên tịch số 17/2003/TTLT/BTC-BNN-BTS của Bộ Tài chính, Bộ NN và PTNT, Bộ Thủy sản (nay là Bộ NN và PTNT).