Sau khi Bộ Tài chính nhận được văn bản của Hiệp hội Cà phê ca cao Việt Nam, Hiệp hội Chế biến và xuất khẩu thủy sản Việt Nam, một số DN kinh doanh nông, lâm, thủy, hải sản và Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương phản ánh các vướng mắc khi triển khai Công văn số 7527/BTC-TCT ngày 12/6/2013 và Công văn 9345/BTC-TCT ngày 19/7/2013 của Bộ Tài chính, Bộ Tài chính đã gửi công văn hướng dẫn một số nội dung như sau:
Về hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT):
Cục Thuế thực hiện phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quy định tại Luật Quản lý Thuế, Luật Thuế GTGT để tổ chức hoàn thuế đối với các DN:
a) Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau thực hiện đúng và đầy đủ theo quy định tại mục b Khoản 1 Điều 60 của Luật Quản lý thuế. Đối với trường hợp: "Hết thời hạn theo thông báo bằng văn bản của cơ quan quản lý thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế; hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng;", Cục Thuế thực hiện đưa những chứng từ, hóa đơn mà Cơ quan Thuế yêu cầu giải trình nhưng người nộp thuế có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế khai là đúng vào diện kiểm tra, xác minh trước khi hoàn; Đối với số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn không liên quan đến những chứng từ, hóa đơn trên, Cục Thuế thực hiện hoàn kịp thời cho người nộp thuế.
Việc kiểm tra, xác minh những chứng từ này được thực hiện trong phạm vi tối đa 40 ngày và kiểm tra, xác minh đối với người bán hàng trực tiếp cho người nộp thuế để làm căn cứ xử lý hoàn thuế.
Trường hợp việc xác minh, kiểm tra có dấu hiệu vi phạm của các đối tượng mua bán hàng hóa ở các khâu trước đó, thực hiện thông báo và bàn giao cho cơ quan Thuế quản lý DN có liên quan để kiểm tra, xử lý theo đúng quy định pháp luật đối với người nộp thuế vi phạm; không để ảnh hưởng đến người được hoàn thuế khi đã có điều kiện hoàn theo quy định.
b) Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định tại mục a Khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý Thuế: "là hồ sơ của người nộp thuế có quá trình chấp hành tốt pháp luật về thuế và các giao dịch được thanh toán qua ngân hàng theo quy định của pháp luật". Đối tượng này được quy định tại Điều 30 Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007; khoản 21 Điều 1 Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010; Điều 41 Nghị định số 83/2013/NĐ-CP ngày 22/7/2013.
Đối với lĩnh vực kinh doanh xuất nhập khẩu nông, lâm, thủy, hải sản đề nghị các Cục Thuế chú ý những đối tượng sau:
- Đối với hồ sơ hoàn thuế GTGT của DN thuộc danh sách "DN XK uy tín" năm 2012-2013 do Bộ Công Thương công bố tại Quyết định 2390/QĐ-BCT ngày 15/4/2013 và Quyết định số 4169/QĐ-BCT ngày 24/6/2013 cơ quan thuế thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau theo quy định. Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với cả trường hợp DN XK mặt hàng không phải mặt hàng được công nhận trong danh sách "DN XK uy tín" và trường hợp Chi nhánh DN hạch toán phụ thuộc thực hiện XK.
- Đối với các DN XK nông, lâm, thủy, hải sản đã hoạt động sản xuất, kinh doanh từ 24 tháng tính đến ngày phát sinh hồ sơ hoàn thuế không bị xử phạt về gian lận thuế, trốn thuế gồm tất cả các sắc thuế theo quy định của pháp luật.