Tại điều 9 Thông tư số 126/2014/TT-BTC quy định: Trường hợp người nộp thuế kê khai phù hợp với thông tin truy vấn trên cổng thanh toán điện tử hải quan, Kho bạc Nhà nước thực hiện trích tiền từ tài khoản của người nộp thuế để nộp thuế hoặc thu tiền của người nộp thuế để chuyển vào tài khoản thu ngân sách tại Kho bạc Nhà nước… và truyền thông tin thu theo từng tờ khai qua cổng thanh toán điện tử hải quan cho cơ quan hải quan 15 phút/1 lần để cơ quan hải quan hạch toán kế toán thanh khoản nợ, thông quan hàng hóa theo quy định.
Tuy nhiên, thực hiện chủ trương giảm thời gian thông quan hàng hóa theo chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, nâng cao hiệu quả công tác thu ngân sách trên cơ sở chứng từ nộp thuế do người nộp thuế xuất trình, Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện quy định nêu trên như sau:
Thông tin thu nộp thuế vào Kho bạc Nhà nước phải được cập nhật trên Hệ thống và truyền đến cơ quan hải quan 15 phút/1 lần, sau thời gian này nếu người nộp thuế đã nộp tiền thuế vào Kho bạc Nhà nước, nhưng dữ liệu chưa được gửi đến cổng thanh toán điện tử hải quan thì cơ quan hải quan kiểm tra thông tin và thông quan hàng hóa trên cơ sở bản sao có xác nhận của doanh nghiệp chứng từ nộp thuế do người nộp thuế xuất trình.