Hình thức, địa điểm, thủ tục thu nộp lệ phí hải quan phải thực hiện đúng theo hướng dẫn tại Công văn 9297/BTC-TCHQ ngày 18/07/2013 của Bộ Tài chính.
Không áp dụng biện pháp cưỡng chế, được áp dụng thời hạn nộp thuế theo quy định hiện hành nếu tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan doanh nghiệp chỉ nợ lệ phí hải quan.
Ngoài ra, Tổng cục Hải quan đang nghiên cứu trao đổi với các cơ quan liên quan để thực hiện ủy nhiệm thu lệ phí hải quan qua các doanh nghiệp kinh doanh mạng viễn thông nhằm tạo thuận lợi cho người nộp tiền.