Theo đó, mức thu phí, lệ phí trong công tác thú y thực hiện theo quy định tại Biểu phí, lệ phí trong trong công tác thú y ban hành kèm theo Thông tư này.
Tổ chức thu phí là Cục Thú y (trường hợp được khoán chi phí hoạt động thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm trong việc sử dụng biên chế và kinh phí quản lý hành chính) được trích lại 90% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ. Trong đó, các khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí bao gồm cả nội dung chi phòng, chống dịch bệnh cho động vật. Nộp 10% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Đối với tổ chức thu phí là Chi cục có chức năng quản lý chuyên ngành thú y:
a) Tổ chức thu phí nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện công việc và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước.
b) Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ thì được trích lại 90% số tiền phí thu được để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 120/2016/NĐ-CP ngày 23 tháng 8 năm 2016 của Chính phủ; trong đó, các khoản chi khác liên quan đến thực hiện công việc, dịch vụ và thu phí bao gồm cả nội dung chi phòng, chống dịch bệnh cho động vật. Nộp 10% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
Trường hợp trong một tổ chức thu, nếu số thu phí thu được thấp hơn số dự toán chi được cấp có thẩm quyền phê duyệt, thì Cục Thú y (đối với tổ chức thu do trung ương quản lý); cơ quan quản lý chuyên ngành thú y cấp tỉnh (đối với tổ chức thu do địa phương quản lý) điều hòa từ tổ chức thừa sang tổ chức thiếu trong phạm vi tổng số tiền phí được trích để lại và thực hiện như sau:
a) Định kỳ cuối quý, các tổ chức thu căn cứ vào số tiền phí thu được và số tiền được chi theo dự toán chi được cấp có thẩm quyền phê duyệt (dự toán năm chia ra từng quý), nếu số tiền phí thu được lớn hơn số chi theo dự toán chi được duyệt thì phải nộp số chênh lệch vào tài khoản của Cục Thú y (đối với tổ chức thu do trung ương quản lý); cơ quan quản lý chuyên ngành thú y cấp tỉnh (đối với tổ chức thu do địa phương quản lý) để điều hòa cho cơ quan thu trực thuộc không đủ nguồn thu theo quy định tại Thông tư này.
b) Cục Thú y, cơ quan quản lý chuyên ngành thú y cấp tỉnh được mở thêm tài khoản tiền gửi tại Kho bạc nhà nước nơi giao dịch để điều hòa tiền phí trong công tác thú y được trích lại theo quy định giữa các tổ chức thu cùng cấp.
Tổ chức thu lệ phí nộp 100% số tiền lệ phí thu được vào ngân sách nhà nước theo chương, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành. Nguồn chi phí trang trải cho việc thực hiện công việc và thu lệ phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước.
Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2017 và thay thế Thông tư số 04/2012/TT-BTC ngày 05 tháng 01 năm 2012 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định chế độ thu, nộp, quản lý, sử dụng phí, lệ phí trong công tác thú y; Thông tư số 11/2013/TT-BTC ngày 21 tháng 01 năm 2013 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 04/2012/TT-BTC ngày 05 tháng 01 năm 2012 và Thông tư số 107/2012/TT-BTC ngày 28 tháng 6 năm 2012; Thông tư số 113/2015/TT-BTC ngày 07 tháng 8 năm 2015 sửa đổi Thông tư số 04/2012/TT-BTC ngày 05 tháng 01 năm 2012.