Theo đó, người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan theo quy định tại Điểm a Khoản 1 Điều 7 Thông tư 38/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018. Trường hợp chưa có chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa nhập khẩu tại thời điểm làm thủ tục hải quan để áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA, người khai hải quan phải khai chậm nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ trên tờ khai hải quan nhập khẩu và được khai bổ sung, nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ hàng hóa trong thời hạn không quá 02 năm kể từ ngày đăng ký.
Bên cạnh đó, trường hợp người khai hải quan nộp chứng từ chứng nhận xuất xứ sau thời hạn hiệu lực quy định vì lý do bất khả kháng hoặc các lý do hợp lệ khác nằm ngoài sự kiểm soát của nhà nhập khẩu hoặc các trường hợp xuất trình muộn khác, Bộ Tài chính xem xét, quyết định việc áp dụng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi đặc biệt theo quy định tại Hiệp định EVFTA đối với các trường hợp cụ thể.
Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 11/03/2021.