Quy trình trên sẽ bao gồm các bước sau: Tiếp nhận hồ sơ; Kiểm tra thực tế hàng hóa bị thiệt hại; Xử lý hồ sơ giảm thuế; Phát hành Quyết định giảm thuế; Hoàn tiền thuế được giảm từ tài khoản tiền gửi của cơ quan hải quan hoặc từ ngân sách nhà nước; Lưu trữ hồ sơ, thông tin giảm thuế; Báo cáo số liệu giảm thuế.
Bên cạnh đó, Quyết định này còn ban hành quy trình giảm thuế sau thông quan; miễn thuế; hoàn thuế, không thu thuế; xử lý tiền thuế nộp thừa đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
Tuy nhiên, các quy trình trên không áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu miễn thuế phục vụ trực tiếp cho an ninh, quốc phòng; hàng hóa nhập khẩu miễn thuế theo Điều ước quốc tế.
Quyết định này có hiệu lực kể từ ngày 13/7/2018 và thay thế Quyết định 1780/QĐ-TCHQ ngày 17/6/2016.