Theo đó, thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đối với trường hợp tờ khai đăng ký trước 01/4/2015 nhưng nộp hồ sơ hoàn thuế sau thời điểm này được thực hiện như sau:
- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của các tờ khai nhập khẩu và xuất khẩu phát sinh trước 01/4/2015:
+ Nếu đã nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo Thông tư 128/2013/TT-BTC thì tiếp tục giải quyết thủ tục hoàn thuế, không thu thuế theo Thông tư 128/2013/TT-BTC.
+ Nếu chưa nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế thì hồ sơ, thủ tục hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo Thông tư 38/2015/TT-BTC.
- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của các tờ khai nhập khẩu và xuất khẩu phát sinh từ 01/4/2015 thì hồ sơ, thủ tục hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo Thông tư 38/2015/TT-BTC.
Ngoài ra, Công văn này còn hướng dẫn xử lý thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp không xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế…