Theo đó, thủ tục nộp, tiếp nhận và xử lý hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế đối với trường hợp tờ khai đăng ký trước 01/4/2015 nhưng nộp hồ sơ hoàn thuế sau thời điểm này được thực hiện như sau:
- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của các tờ khai nhập khẩu và xuất khẩu phát sinh trước 01/4/2015:
+ Nếu đã nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế theo Thông tư128/2013/TT-BTC thì tiếp tục giải quyết thủ tục hoàn thuế, không thu thuế theo Thông tư128/2013/TT-BTC .
+ Nếu chưa nộp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế thì hồ sơ, thủ tục hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo Thông tư 38/2015/TT-BTC .
- Trường hợp hồ sơ hoàn thuế, không thu thuế của các tờ khai nhập khẩu và xuất khẩu phát sinh từ 01/4/2015 thì hồ sơ, thủ tục hoàn thuế, không thu thuế thực hiện theo Thông tư 38/2015/TT-BTC .
- Về báo cáo quyết toán theo năm tài chính đối với hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu và DNCX (Điều 60):
+ Để doanh nghiệp có thể có số liệu báo cáo chính xác cho cơ quan hải quan theo quy định tại Điều 60 Thông tư số 38/2015/TT-BTC yêu cầu các Cục Hải quan tỉnh, thành phố hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện như sau:
a) Số liệu trên bảng báo cáo quyết toán nguyên liệu, vật tư, thành phẩm sản xuất từ nguồn nhập khẩu: được lấy theo số liệu kế toán của doanh nghiệp;
b) Thời điểm để tính ngày chốt tồn nguyên vật liệu: là ngày kết thúc năm tài chính (ví dụ năm tài chính của doanh nghiệp bắt đầu từ 01/01/2015-31/12/2015 thì ngày chốt tồn nguyên vật liệu là ngày 31/12/2015);
c) Trị giá ghi trên bảng báo cáo quyết toán: là tổng trị giá của nguyên vật liệu nhập khẩu, thành phẩm được sản xuất từ nguồn nhập khẩu phát sinh trong năm tài chính (ví dụ trong năm tài chính từ 01/01/2015-31/12/2015 doanh nghiệp phát sinh 1000 tờ khai nhập khẩu nguyên vật liệu để sản xuất hàng xuất khẩu thì ghi tổng trị giá của nguyên vật liệu nhập khẩu được ghi nhận trên sổ sách kế toán vào cột số (5) trên bảng báo cáo quyết toán nguyên liệu, vật tư, thành phẩm sản xuất từ nguồn nhập khẩu) theo mẫu số 15/BCQT/GSQL.
Về báo cáo quyết toán theo năm tài chính đối với hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu và DNCX (Điều 60), khác với và chưa đề cập đến Công văn số 16120 về việc nộp báo cáo quyết toán theo Điều 60, Thông tư số 38/2015/TT-BTC đối với loại hình nhập nhập SXXK ban hành ngày 2/11/2015. Tuy nhiên, theo một đại diện của Tổng cục Hải quan thì Công văn số 16120 vẫn có hiệu lực áp dụng với hàng NK để SXXK.
Ngoài ra, Công văn này còn hướng dẫn xử lý thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp không xuất khẩu hàng hóa trong thời hạn nộp thuế…