Theo đó, Thông tư này quy định về quy trình, hướng dẫn thực hiện điều tra, đánh giá nguồn lợi thủy sản và môi trường sống của loài thủy sản; trình tự, thủ tục lập, thẩm định dự án thành lập, nội dung quyết định thành lập khu bảo tồn biển cấp tỉnh; hướng dẫn quản lý khu bảo vệ nguồn lợi thủy sản; tiêu chí và ban hành Danh mục nghề, ngư cụ cấm sử dụng khai thác thủy sản; Danh mục khu vực cấm khai thác thủy sản có thời hạn; đánh dấu ngư cụ đang sử dụng tại ngư trường.
Thông tư này có hiệu lực thi hành từ 01/01/2019.