Thông tư quy định đối với xuất khẩu (XK), nhập khẩu (NK) hàng hóa chuyên ngành thủy sản như XK các loài thủy sản nguy cấp, quý, hiếm: Cấm XK các loài thủy sản có tên trong Danh mục tại Phụ lục 1 kèm theo Thông tư này, trừ trường hợp để thực hiện Điều ước quốc tế mà Việt Nam đã ký kết hoặc gia nhập. Khi XK phải được Văn phòng CITES Việt Nam cấp giấy phép đối với loài thủy sản thuộc phụ lục của Công ước CITES hoặc Cục Khai thác và Bảo vệ nguồn lợi thủy sản cấp phép đối với các loài thủy sản không thuộc phụ lục của Công ước CITES; Các loài thủy sản thuộc Phụ lục 2 kèm theo Thông tư này chỉ được XK khi đáp ứng đủ các điều kiện: Có nguồn gốc nuôi sinh sản từ thế hệ F1 tại các trại nuôi sinh sản, Trại nuôi sinh sản phải được cơ quan thẩm quyền quản lý CITES Việt Nam uỷ quyền chứng nhận, Xác nhận nguồn gốc nuôi (theo điều kiện của CITES) do Chi cục bảo vệ nguồn lợi thuỷ sản thực hiện…
Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký và thay thế các văn bản trước đây của Bộ NN&PTNT quy định về về hoạt động mua bán hàng hóa quốc tế và các đại lý, mua, bán, gia công và quá cảnh hàng hóa với nước ngoài trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản.