Theo kiện toàn, Trưởng ban Chỉ đạo là Phó Thủ tướng Chính phủ Hồ Quốc Dũng. Phó Trưởng ban Chỉ đạo gồm: Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường Trịnh Việt Hùng (Phó Trưởng ban Thường trực); Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường Võ Văn Hưng.
Ủy viên gồm lãnh đạo các bộ, ban, ngành, các địa phương: Ban Tuyên giáo và Dân vận Trung ương; Bộ Quốc phòng; Bộ Công an; Bộ Ngoại giao; Bộ Tư pháp; Bộ Tài chính; Bộ Công thương; Bộ Xây dựng; Bộ Khoa học và Công nghệ; Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch; Thanh tra Chính phủ; Văn phòng Ban Chỉ đạo phòng thủ dân sự Quốc gia và Chủ tịch Ủy ban nhân dân 22 tỉnh, thành phố ven biển, có tàu cá (Quảng Ninh, Hải Phòng, Hưng Yên, Ninh Bình, Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Trị, thành phố Huế, Đà Nẵng, Quảng Ngãi, Gia Lai, Đắk Lắk, Khánh Hòa, Lâm Đồng, Thành phố Hồ Chí Minh, Vĩnh Long, Cần Thơ, Đồng Tháp, Cà Mau, An Giang, Tây Ninh).
Bộ Nông nghiệp và Môi trường là Cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo. Ban Chỉ đạo quốc gia về IUU có chức năng tham mưu, giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Thủ tướng Chính phủ liên quan đến công tác chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (chống khai thác IUU); chỉ đạo, đôn đốc, phối hợp với các bộ, ban, ngành và địa phương thực hiện chống khai thác IUU đáp ứng theo thông lệ quốc tế, các công ước, hiệp định quốc tế mà Việt Nam tham gia, ký kết, phù hợp với quy định của các tổ chức nghề cá trong khu vực và quốc tế về chống khai thác IUU.
Nhiệm vụ của Ban Chỉ đạo quốc gia về IUU là tham mưu, tổng hợp và đề xuất với Thủ tướng Chính phủ các nhiệm vụ, giải pháp cấp bách, trọng tâm, ưu tiên thực hiện về chống khai thác IUU; kiến nghị, đề xuất giải quyết các vướng mắc trong triển khai chống khai thác IUU của các bộ, ban, ngành và địa phương vượt quá thẩm quyền...